Gadolinium in PDB 8rt3: Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
Enzymatic activity of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
All present enzymatic activity of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions:
3.2.1.17;
Protein crystallography data
The structure of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions, PDB code: 8rt3
was solved by
C.Maccarthy,
E.V.Koudan,
S.V.Petrov,
A.A.Levin,
Y.D.Khesuani,
V.Borshchevskiy,
with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution Low / High (Å)
|
27.45 /
1.09
|
Space group
|
P 43 21 2
|
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)
|
77.21,
77.21,
39.05,
90,
90,
90
|
R / Rfree (%)
|
12.2 /
14.2
|
Other elements in 8rt3:
The structure of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions also contains other interesting chemical elements:
Gadolinium Binding Sites:
The binding sites of Gadolinium atom in the Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
(pdb code 8rt3). This binding sites where shown within
5.0 Angstroms radius around Gadolinium atom.
In total 4 binding sites of Gadolinium where determined in the
Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions, PDB code: 8rt3:
Jump to Gadolinium binding site number:
1;
2;
3;
4;
Gadolinium binding site 1 out
of 4 in 8rt3
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Gadolinium Binding Sites List in 8rt3
Gadolinium binding site 1 out
of 4 in the Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
Mono view
Stereo pair view
|
A full contact list of Gadolinium with other atoms in the Gd binding
site number 1 of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Gd1001
b:14.2
occ:0.66
|
GD
|
A:GD1001
|
0.0
|
14.2
|
0.7
|
GD
|
A:GD1001
|
1.4
|
18.2
|
0.3
|
O
|
A:HOH1303
|
2.3
|
30.2
|
0.3
|
O
|
A:HOH1104
|
2.3
|
15.8
|
0.7
|
O7
|
A:DO31002
|
2.3
|
19.7
|
0.7
|
O5
|
A:DO31002
|
2.3
|
19.9
|
0.7
|
O1
|
A:DO31002
|
2.4
|
13.6
|
0.7
|
O3
|
A:DO31002
|
2.4
|
19.2
|
0.7
|
N1
|
A:DO31002
|
2.6
|
14.8
|
0.7
|
N3
|
A:DO31002
|
2.6
|
16.7
|
0.7
|
N2
|
A:DO31002
|
2.7
|
16.1
|
0.7
|
N4
|
A:DO31002
|
2.7
|
17.6
|
0.7
|
HO7
|
A:DO31002
|
2.9
|
23.6
|
0.7
|
O
|
A:HOH1353
|
3.1
|
24.6
|
0.5
|
C13
|
A:DO31002
|
3.1
|
21.3
|
0.7
|
C16
|
A:DO31002
|
3.2
|
20.0
|
0.7
|
C9
|
A:DO31002
|
3.2
|
14.5
|
0.7
|
C10
|
A:DO31002
|
3.2
|
16.0
|
0.7
|
H161
|
A:DO31002
|
3.2
|
24.0
|
0.7
|
C14
|
A:DO31002
|
3.2
|
18.6
|
0.7
|
C15
|
A:DO31002
|
3.2
|
21.8
|
0.7
|
H101
|
A:DO31002
|
3.2
|
19.2
|
0.7
|
C11
|
A:DO31002
|
3.3
|
18.4
|
0.7
|
H142
|
A:DO31002
|
3.3
|
22.3
|
0.7
|
C12
|
A:DO31002
|
3.3
|
16.9
|
0.7
|
C8
|
A:DO31002
|
3.5
|
17.1
|
0.7
|
C3
|
A:DO31002
|
3.5
|
17.7
|
0.7
|
C4
|
A:DO31002
|
3.5
|
19.3
|
0.7
|
C7
|
A:DO31002
|
3.5
|
18.4
|
0.7
|
C5
|
A:DO31002
|
3.5
|
18.3
|
0.7
|
H122
|
A:DO31002
|
3.5
|
20.3
|
0.7
|
C6
|
A:DO31002
|
3.5
|
18.5
|
0.7
|
C1
|
A:DO31002
|
3.6
|
16.5
|
0.7
|
C2
|
A:DO31002
|
3.6
|
16.9
|
0.7
|
HC81
|
A:DO31002
|
3.7
|
20.5
|
0.7
|
O
|
A:HOH1314
|
3.7
|
24.0
|
0.6
|
HC42
|
A:DO31002
|
3.7
|
23.1
|
0.7
|
HC31
|
A:DO31002
|
3.7
|
21.2
|
0.7
|
HA
|
A:DO31002
|
3.7
|
26.1
|
0.7
|
HC51
|
A:DO31002
|
3.7
|
22.0
|
0.7
|
HC71
|
A:DO31002
|
3.8
|
22.1
|
0.7
|
HC11
|
A:DO31002
|
3.8
|
19.8
|
0.7
|
HC22
|
A:DO31002
|
3.9
|
20.2
|
0.7
|
HC62
|
A:DO31002
|
3.9
|
22.2
|
0.7
|
H102
|
A:DO31002
|
4.1
|
19.2
|
0.7
|
H162
|
A:DO31002
|
4.1
|
24.0
|
0.7
|
H141
|
A:DO31002
|
4.1
|
22.3
|
0.7
|
O
|
A:HOH1102
|
4.1
|
21.5
|
0.6
|
H121
|
A:DO31002
|
4.2
|
20.3
|
0.7
|
O
|
A:HOH1109
|
4.2
|
12.7
|
0.5
|
HC82
|
A:DO31002
|
4.3
|
20.5
|
0.7
|
O6
|
A:DO31002
|
4.3
|
25.2
|
0.7
|
HC41
|
A:DO31002
|
4.3
|
23.1
|
0.7
|
HC32
|
A:DO31002
|
4.3
|
21.2
|
0.7
|
HC61
|
A:DO31002
|
4.3
|
22.2
|
0.7
|
HC72
|
A:DO31002
|
4.3
|
22.1
|
0.7
|
HC52
|
A:DO31002
|
4.4
|
22.0
|
0.7
|
O2
|
A:DO31002
|
4.4
|
17.2
|
0.7
|
H173
|
A:DO31002
|
4.4
|
28.3
|
0.7
|
O
|
A:HOH1150
|
4.4
|
29.0
|
1.0
|
HC12
|
A:DO31002
|
4.4
|
19.8
|
0.7
|
HC21
|
A:DO31002
|
4.4
|
20.2
|
0.7
|
C17
|
A:DO31002
|
4.4
|
23.6
|
0.7
|
O2
|
A:DO31004
|
4.4
|
17.7
|
0.7
|
O4
|
A:DO31002
|
4.5
|
19.7
|
0.7
|
O
|
A:HOH1272
|
4.5
|
30.2
|
0.6
|
O1
|
A:DO31004
|
4.5
|
16.0
|
0.7
|
H172
|
A:DO31002
|
4.8
|
28.3
|
0.7
|
C9
|
A:DO31004
|
4.8
|
15.9
|
0.7
|
O
|
A:HOH1103
|
4.8
|
41.6
|
0.9
|
|
Gadolinium binding site 2 out
of 4 in 8rt3
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Gadolinium Binding Sites List in 8rt3
Gadolinium binding site 2 out
of 4 in the Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
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|
A full contact list of Gadolinium with other atoms in the Gd binding
site number 2 of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Gd1001
b:18.2
occ:0.34
|
GD
|
A:GD1001
|
0.0
|
18.2
|
0.3
|
O3
|
A:DO31002
|
1.2
|
19.2
|
0.7
|
GD
|
A:GD1001
|
1.4
|
14.2
|
0.7
|
O
|
A:HOH1104
|
1.7
|
15.8
|
0.7
|
O5
|
A:DO31002
|
2.3
|
19.9
|
0.7
|
C11
|
A:DO31002
|
2.3
|
18.4
|
0.7
|
O1
|
A:DO31002
|
2.6
|
13.6
|
0.7
|
O
|
A:HOH1314
|
2.6
|
24.0
|
0.6
|
O
|
A:HOH1353
|
2.6
|
24.6
|
0.5
|
O
|
A:HOH1303
|
2.7
|
30.2
|
0.3
|
O
|
A:HOH1102
|
2.8
|
21.5
|
0.6
|
C13
|
A:DO31002
|
2.8
|
21.3
|
0.7
|
H142
|
A:DO31002
|
2.9
|
22.3
|
0.7
|
N2
|
A:DO31002
|
2.9
|
16.1
|
0.7
|
O7
|
A:DO31002
|
3.1
|
19.7
|
0.7
|
C12
|
A:DO31002
|
3.1
|
16.9
|
0.7
|
C14
|
A:DO31002
|
3.1
|
18.6
|
0.7
|
N3
|
A:DO31002
|
3.2
|
16.7
|
0.7
|
HO7
|
A:DO31002
|
3.3
|
23.6
|
0.7
|
H122
|
A:DO31002
|
3.3
|
20.3
|
0.7
|
O4
|
A:DO31002
|
3.4
|
19.7
|
0.7
|
O
|
A:HOH1109
|
3.4
|
12.7
|
0.5
|
HC31
|
A:DO31002
|
3.5
|
21.2
|
0.7
|
O
|
A:HOH1103
|
3.5
|
41.6
|
0.9
|
C3
|
A:DO31002
|
3.6
|
17.7
|
0.7
|
C9
|
A:DO31002
|
3.7
|
14.5
|
0.7
|
N1
|
A:DO31002
|
3.8
|
14.8
|
0.7
|
O6
|
A:DO31002
|
3.8
|
25.2
|
0.7
|
H121
|
A:DO31002
|
3.9
|
20.3
|
0.7
|
C4
|
A:DO31002
|
3.9
|
19.3
|
0.7
|
N4
|
A:DO31002
|
4.0
|
17.6
|
0.7
|
H141
|
A:DO31002
|
4.0
|
22.3
|
0.7
|
H161
|
A:DO31002
|
4.1
|
24.0
|
0.7
|
O
|
A:HOH1150
|
4.1
|
29.0
|
1.0
|
O1
|
A:DO31004
|
4.2
|
16.0
|
0.7
|
C15
|
A:DO31002
|
4.2
|
21.8
|
0.7
|
C2
|
A:DO31002
|
4.2
|
16.9
|
0.7
|
C10
|
A:DO31002
|
4.2
|
16.0
|
0.7
|
O3
|
A:DO31004
|
4.2
|
20.1
|
0.7
|
C5
|
A:DO31002
|
4.3
|
18.3
|
0.7
|
C16
|
A:DO31002
|
4.3
|
20.0
|
0.7
|
H101
|
A:DO31002
|
4.4
|
19.2
|
0.7
|
HC51
|
A:DO31002
|
4.4
|
22.0
|
0.7
|
C1
|
A:DO31002
|
4.4
|
16.5
|
0.7
|
HC11
|
A:DO31002
|
4.5
|
19.8
|
0.7
|
HC42
|
A:DO31002
|
4.5
|
23.1
|
0.7
|
HC32
|
A:DO31002
|
4.6
|
21.2
|
0.7
|
C11
|
A:DO31004
|
4.6
|
22.4
|
0.7
|
HC41
|
A:DO31002
|
4.7
|
23.1
|
0.7
|
OD1
|
A:ASP101
|
4.7
|
30.6
|
0.4
|
HC22
|
A:DO31002
|
4.7
|
20.2
|
0.7
|
C6
|
A:DO31002
|
4.7
|
18.5
|
0.7
|
O
|
A:HOH1242
|
4.8
|
36.8
|
1.0
|
O2
|
A:DO31002
|
4.8
|
17.2
|
0.7
|
O2
|
A:DO31004
|
4.8
|
17.7
|
0.7
|
O4
|
A:DO31004
|
4.8
|
23.3
|
0.7
|
C8
|
A:DO31002
|
4.8
|
17.1
|
0.7
|
C9
|
A:DO31004
|
4.8
|
15.9
|
0.7
|
HA
|
A:DO31002
|
4.8
|
26.1
|
0.7
|
HC21
|
A:DO31002
|
4.9
|
20.2
|
0.7
|
H173
|
A:DO31002
|
4.9
|
28.3
|
0.7
|
C7
|
A:DO31002
|
4.9
|
18.4
|
0.7
|
HC81
|
A:DO31002
|
5.0
|
20.5
|
0.7
|
|
Gadolinium binding site 3 out
of 4 in 8rt3
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Gadolinium Binding Sites List in 8rt3
Gadolinium binding site 3 out
of 4 in the Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
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|
A full contact list of Gadolinium with other atoms in the Gd binding
site number 3 of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Gd1003
b:14.6
occ:0.68
|
GD
|
A:GD1003
|
0.0
|
14.6
|
0.7
|
O7
|
A:DO31004
|
2.3
|
16.2
|
0.7
|
O5
|
A:DO31004
|
2.3
|
18.5
|
0.7
|
O1
|
A:DO31004
|
2.4
|
16.0
|
0.7
|
O3
|
A:DO31004
|
2.4
|
20.1
|
0.7
|
GD
|
A:GD1003
|
2.4
|
13.4
|
0.3
|
O
|
A:HOH1109
|
2.5
|
12.7
|
0.5
|
N1
|
A:DO31004
|
2.6
|
15.4
|
0.7
|
N4
|
A:DO31004
|
2.6
|
17.8
|
0.7
|
N3
|
A:DO31004
|
2.6
|
19.1
|
0.7
|
N2
|
A:DO31004
|
2.7
|
23.2
|
0.7
|
HO7
|
A:DO31004
|
2.8
|
19.4
|
0.7
|
C11
|
A:DO31004
|
3.1
|
22.4
|
0.7
|
C13
|
A:DO31004
|
3.1
|
19.5
|
0.7
|
C9
|
A:DO31004
|
3.1
|
15.9
|
0.7
|
C14
|
A:DO31004
|
3.2
|
19.8
|
0.7
|
C10
|
A:DO31004
|
3.2
|
17.4
|
0.7
|
O
|
A:HOH1353
|
3.2
|
24.6
|
0.5
|
C12
|
A:DO31004
|
3.2
|
22.9
|
0.7
|
H142
|
A:DO31004
|
3.3
|
23.7
|
0.7
|
C16
|
A:DO31004
|
3.3
|
15.5
|
0.7
|
C3
|
A:DO31004
|
3.3
|
22.7
|
0.7
|
H161
|
A:DO31004
|
3.4
|
18.6
|
0.7
|
C4
|
A:DO31004
|
3.4
|
21.9
|
0.7
|
C15
|
A:DO31004
|
3.4
|
17.4
|
0.7
|
C5
|
A:DO31004
|
3.5
|
18.7
|
0.7
|
HC31
|
A:DO31004
|
3.5
|
27.2
|
0.7
|
C6
|
A:DO31004
|
3.5
|
17.8
|
0.7
|
C1
|
A:DO31004
|
3.5
|
17.8
|
0.7
|
C8
|
A:DO31004
|
3.5
|
17.4
|
0.7
|
C7
|
A:DO31004
|
3.6
|
17.5
|
0.7
|
C2
|
A:DO31004
|
3.6
|
22.0
|
0.7
|
HC52
|
A:DO31004
|
3.7
|
22.4
|
0.7
|
HC42
|
A:DO31004
|
3.7
|
26.2
|
0.7
|
HC61
|
A:DO31004
|
3.8
|
21.4
|
0.7
|
HC82
|
A:DO31004
|
3.8
|
20.9
|
0.7
|
HC71
|
A:DO31004
|
3.9
|
21.0
|
0.7
|
HC12
|
A:DO31004
|
3.9
|
21.4
|
0.7
|
HC22
|
A:DO31004
|
3.9
|
26.4
|
0.7
|
O
|
A:HOH1102
|
4.1
|
21.5
|
0.6
|
HA
|
A:DO31004
|
4.1
|
20.9
|
0.7
|
H141
|
A:DO31004
|
4.1
|
23.7
|
0.7
|
H102
|
A:DO31004
|
4.1
|
20.9
|
0.7
|
H121
|
A:DO31004
|
4.1
|
27.4
|
0.7
|
H173
|
A:DO31004
|
4.3
|
21.8
|
0.7
|
HC32
|
A:DO31004
|
4.3
|
27.2
|
0.7
|
HC41
|
A:DO31004
|
4.3
|
26.2
|
0.7
|
O6
|
A:DO31004
|
4.3
|
21.0
|
0.7
|
O4
|
A:DO31004
|
4.3
|
23.3
|
0.7
|
HC62
|
A:DO31004
|
4.3
|
21.4
|
0.7
|
HC51
|
A:DO31004
|
4.3
|
22.4
|
0.7
|
O2
|
A:DO31004
|
4.3
|
17.7
|
0.7
|
HC11
|
A:DO31004
|
4.4
|
21.4
|
0.7
|
C17
|
A:DO31004
|
4.4
|
18.1
|
0.7
|
O
|
A:HOH1104
|
4.4
|
15.8
|
0.7
|
O1
|
A:DO31002
|
4.4
|
13.6
|
0.7
|
HC81
|
A:DO31004
|
4.4
|
20.9
|
0.7
|
HC21
|
A:DO31004
|
4.4
|
26.4
|
0.7
|
HC72
|
A:DO31004
|
4.4
|
21.0
|
0.7
|
O
|
A:HOH1314
|
4.5
|
24.0
|
0.6
|
O
|
A:HOH1261
|
4.5
|
20.0
|
0.8
|
O2
|
A:DO31002
|
4.6
|
17.2
|
0.7
|
H172
|
A:DO31004
|
4.6
|
21.8
|
0.7
|
O
|
A:HOH1354
|
4.7
|
20.8
|
0.8
|
O
|
A:HOH1242
|
4.8
|
36.8
|
1.0
|
C9
|
A:DO31002
|
4.9
|
14.5
|
0.7
|
O
|
A:HOH1355
|
4.9
|
23.6
|
0.8
|
|
Gadolinium binding site 4 out
of 4 in 8rt3
Go back to
Gadolinium Binding Sites List in 8rt3
Gadolinium binding site 4 out
of 4 in the Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions
Mono view
Stereo pair view
|
A full contact list of Gadolinium with other atoms in the Gd binding
site number 4 of Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Gd1003
b:13.4
occ:0.32
|
GD
|
A:GD1003
|
0.0
|
13.4
|
0.3
|
N2
|
A:DO31004
|
0.4
|
23.2
|
0.7
|
C12
|
A:DO31004
|
1.4
|
22.9
|
0.7
|
C2
|
A:DO31004
|
1.5
|
22.0
|
0.7
|
C3
|
A:DO31004
|
1.8
|
22.7
|
0.7
|
HC21
|
A:DO31004
|
2.1
|
26.4
|
0.7
|
HC22
|
A:DO31004
|
2.1
|
26.4
|
0.7
|
H121
|
A:DO31004
|
2.1
|
27.4
|
0.7
|
C1
|
A:DO31004
|
2.2
|
17.8
|
0.7
|
HC31
|
A:DO31004
|
2.3
|
27.2
|
0.7
|
GD
|
A:GD1003
|
2.4
|
14.6
|
0.7
|
HC32
|
A:DO31004
|
2.4
|
27.2
|
0.7
|
C11
|
A:DO31004
|
2.5
|
22.4
|
0.7
|
N1
|
A:DO31004
|
2.5
|
15.4
|
0.7
|
HC12
|
A:DO31004
|
2.5
|
21.4
|
0.7
|
O1
|
A:DO31004
|
2.7
|
16.0
|
0.7
|
O3
|
A:DO31004
|
2.8
|
20.1
|
0.7
|
C4
|
A:DO31004
|
2.8
|
21.9
|
0.7
|
HC42
|
A:DO31004
|
2.9
|
26.2
|
0.7
|
HC11
|
A:DO31004
|
3.1
|
21.4
|
0.7
|
N3
|
A:DO31004
|
3.2
|
19.1
|
0.7
|
C9
|
A:DO31004
|
3.4
|
15.9
|
0.7
|
HC82
|
A:DO31004
|
3.4
|
20.9
|
0.7
|
O4
|
A:DO31004
|
3.5
|
23.3
|
0.7
|
C10
|
A:DO31004
|
3.5
|
17.4
|
0.7
|
C8
|
A:DO31004
|
3.6
|
17.4
|
0.7
|
HC41
|
A:DO31004
|
3.6
|
26.2
|
0.7
|
H142
|
A:DO31004
|
3.7
|
23.7
|
0.7
|
C14
|
A:DO31004
|
4.0
|
19.8
|
0.7
|
N4
|
A:DO31004
|
4.0
|
17.8
|
0.7
|
HC61
|
A:DO31004
|
4.2
|
21.4
|
0.7
|
H102
|
A:DO31004
|
4.2
|
20.9
|
0.7
|
HC81
|
A:DO31004
|
4.3
|
20.9
|
0.7
|
C5
|
A:DO31004
|
4.3
|
18.7
|
0.7
|
O
|
A:HOH1150
|
4.3
|
29.0
|
1.0
|
O
|
A:HOH1309
|
4.3
|
35.0
|
0.8
|
O
|
A:HOH1109
|
4.3
|
12.7
|
0.5
|
O
|
A:HOH1314
|
4.3
|
24.0
|
0.6
|
C6
|
A:DO31004
|
4.4
|
17.8
|
0.7
|
C7
|
A:DO31004
|
4.4
|
17.5
|
0.7
|
O5
|
A:DO31004
|
4.4
|
18.5
|
0.7
|
O7
|
A:DO31004
|
4.4
|
16.2
|
0.7
|
O2
|
A:DO31004
|
4.5
|
17.7
|
0.7
|
O
|
A:HOH1353
|
4.6
|
24.6
|
0.5
|
C13
|
A:DO31004
|
4.7
|
19.5
|
0.7
|
O
|
A:HOH1104
|
4.7
|
15.8
|
0.7
|
O
|
A:HOH1102
|
4.7
|
21.5
|
0.6
|
H141
|
A:DO31004
|
4.8
|
23.7
|
0.7
|
HC51
|
A:DO31004
|
4.8
|
22.4
|
0.7
|
HO7
|
A:DO31004
|
4.9
|
19.4
|
0.7
|
HC71
|
A:DO31004
|
5.0
|
21.0
|
0.7
|
HC52
|
A:DO31004
|
5.0
|
22.4
|
0.7
|
|
Reference:
C.Maccarthy,
E.V.Koudan,
S.V.Petrov,
A.A.Levin,
Y.D.Khesuani,
V.Borshchevskiy.
Hen Egg White Lysozyme Crystallized with Bioassembler in Space Microgravity Conditions To Be Published.
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